Adobe PDF (5.98 MB)
Title Details:
Οι πρώτες “λέξεις”. Ανάλυση της Σύστασης βιολογικών αλληλουχιών
Authors: Nikolaou, Christoforos
Chouvardas, Panagiotis
Reviewer: Bagkos, Panteleimon
Subject: MEDICINE AND HEALTH SCIENCES, LIFE SCIENCES, BIOLOGICAL SCIENCES > LIFE SCIENCES > TECHNOLOGIES AND APPLICATIONS > BIOINFORMATICS
MATHEMATICS AND COMPUTER SCIENCE > COMPUTER SCIENCE > ALGORITHMS AND COMPLEXITY
MATHEMATICS AND COMPUTER SCIENCE > COMPUTER SCIENCE > INTELLIGENT SYSTEMS > BASIC MACHINE LEARNING
MEDICINE AND HEALTH SCIENCES, LIFE SCIENCES, BIOLOGICAL SCIENCES > LIFE SCIENCES > BIOMATHEMATICS
Keywords:
Bioinformatics
Computational Biology
Biostatistics
Algorithms
Machine Learning
Description:
Abstract:
Το συγκεκριμένο κεφάλαιο έχει ως αντικείμενο την ανάλυση της σύστασης βιολογικών αλληλουχιών. Στο επίκεντρό του βρίσκεται η σχέση της νουκλεοτιδικής σύστασης με την προέλευση και τη λειτουργικότητα γονιδιωματικών αλληλουχιών. Σε αυτό το πλαίσιο, το πραγματικό βιολογικό πρόβλημα που αναπτύσσεται, σχετίζεται με την ανάλυση του ποσοστού βάσεων γουανίνης/κυτοσίνης (GC content) με σκοπό τη διάκριση αλληλουχιών διαφορετικής προέλευσης σε ένα βακτηριακό γονιδίωμα, ως προϊόντα οριζόντιας μεταφοράς γονιδιωματικού υλικού. στο πλαίσιο του προβλήματος αυτού παρουσιάζονται αναλυτικά οι βιολογικές έννοιες της γονιδιωματικής σύστασης και της οργάνωσης των γονιδιωμάτων των ανώτερων ευκαρυωτικών οργανισμών σε ισόχωρες περιοχές σταθερού ποσοστού GC. Στο δεύτερο μέρος του κεφαλαίου εξετάζεται μια ενδιαφέρουσα ιδιότητα όλων των γνωστών γονιδιωμάτων που είναι γνωστή ως ο δεύτερος κανόνας ισοδυναμίας του Chargaff και παρουσιάζονται γονιδιωματικά χαρακτηριστικά που σχετίζονται με αυτόν. Στο επίπεδο των μαθηματικών και υπολογιστικών εννοιών, εισάγονται οι έννοιες της πιθανότητας και των κατανομών. Η κύρια μεθοδολογία που παρουσιάζεται είναι ο έλεγχος απλών στατιστικών υποθέσεων με τη χρήση κανονικοποιημένων κατανομών, οι οποίες παρουσιάζονται μετά από μια εκτενή αναφορά στο Κεντρικό Οριακό Θεώρημα (ΚΟΘ).

Στο τέλος του Κεφαλαίου θα πρέπει να μπορείτε:
1. Να υπολογίσετε τις συχνότητες εμφάνισης ολιγονουκλεοτιδίων σε γονιδιωματικές αλληλουχίες και τις σχετικές υπερ- και υπο-εκπροσωπήσεις τους.
2. Να εντοπίσετε περιοχές με διαφορετική σύσταση σε πλήρη γονιδιώματα.
3. Να εξετάσετε σε ποιο βαθμό μία ή περισσότερες τιμές από ένα δείγμα διαφέρουν από το σύνολο.
4. Να εντοπίσετε το σημείο έναρξης του αναδιπλασιασμού του DNA σε βακτηριακά γονιδιώματα.
Type: Chapter
Creation Date: 2015
Item Details:
License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/gr
Handle http://hdl.handle.net/11419/1579
Bibliographic Reference: Nikolaou, C., & Chouvardas, P. (2015). Οι πρώτες “λέξεις”. Ανάλυση της Σύστασης βιολογικών αλληλουχιών [Chapter]. In Nikolaou, C., & Chouvardas, P. 2015. Υπολογιστική βιολογία [Undergraduate textbook]. Kallipos, Open Academic Editions. https://hdl.handle.net/11419/1579
Language: Greek
Is Part of: Υπολογιστική βιολογία
Number of pages 33
Publication Origin: Kallipos, Open Academic Editions