Adobe PDF (8.93 MB)
Title Details:
Σύγκριση Αλληλουχιών. Στοιχίσεις και Ταχείες Αναζητήσεις
Authors: Nikolaou, Christoforos
Chouvardas, Panagiotis
Reviewer: Bagkos, Panteleimon
Subject: MEDICINE AND HEALTH SCIENCES, LIFE SCIENCES, BIOLOGICAL SCIENCES > LIFE SCIENCES > TECHNOLOGIES AND APPLICATIONS > BIOINFORMATICS
MATHEMATICS AND COMPUTER SCIENCE > COMPUTER SCIENCE > ALGORITHMS AND COMPLEXITY
MATHEMATICS AND COMPUTER SCIENCE > COMPUTER SCIENCE > INTELLIGENT SYSTEMS > BASIC MACHINE LEARNING
MEDICINE AND HEALTH SCIENCES, LIFE SCIENCES, BIOLOGICAL SCIENCES > LIFE SCIENCES > BIOMATHEMATICS
Keywords:
Bioinformatics
Computational Biology
Biostatistics
Algorithms
Machine Learning
Description:
Abstract:
Έχοντας εξετάσει ακροθιγώς το πρόβλημα της αναζήτησης ομοιοτήτων μεταξύ αλληλουχιών στο επίπεδο των ολιγονουκλεοτιδικών μοτίβων, στο συγκεκριμένο κεφάλαιο περνάμε στη σύγκριση εκτεταμένων σε μήκος αλληλουχιών μέσω της διαδικασίας στοίχισης καταλοίπων. στο πλαίσιο του κεφαλαίου αυτού θα συζητηθούν οι έννοιες της ομοιότητας και της ομολογίας αλληλουχιών, παράλληλα με απλές μαθηματικές έννοιες όπως η απόσταση Levenshtein. Με επίκεντρο το πραγματικό βιολογικό πρόβλημα της σύγκρισης δύο αλληλουχιών μέσω στοίχισης και μετά από μια εισαγωγή στην αρχή του δυναμικού προγραμματισμού, θα αναλυθούν οι αλγόριθμοι των Needlemann-Wunsch για την τοπική και των Smith-Waterman για την ολική στοίχιση δύο αλληλουχιών. Σε ένα δεύτερο επίπεδο, θα συζητηθούν τεχνικές ταχείας σύγκρισης αλληλουχιών μέσω αλγορίθμων όπως ο BLAST και οι διάφορες παραλλαγές του.

Στο τέλος του Κεφαλαίου θα πρέπει να μπορείτε:
Να καταλάβετε την έννοια της στοίχισης αλληλουχιών και να διακρίνετε ανάμεσα στα διάφορα είδη.
Να στοιχίσετε δύο αλληλουχίες με τη χρήση πινάκων αντικατάστασης και δυναμικού προγραμματισμού.
Να αξιολογήσετε τις διαφορές σε στοιχίσεις αλληλουχιών ανάλογα με τον πίνακα αντικατάστασης που χρησιμοποιείτε.
Να αναζητήσετε αλληλουχίες σε βάσεις δεδομένων με κριτήριο την ομοιότητά τους και να αξιολογήσετε στατιστικά τα αποτελέσματα.
Type: Chapter
Creation Date: 2015
Item Details:
License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/gr
Handle http://hdl.handle.net/11419/1582
Bibliographic Reference: Nikolaou, C., & Chouvardas, P. (2015). Σύγκριση Αλληλουχιών. Στοιχίσεις και Ταχείες Αναζητήσεις [Chapter]. In Nikolaou, C., & Chouvardas, P. 2015. Υπολογιστική βιολογία [Undergraduate textbook]. Kallipos, Open Academic Editions. https://hdl.handle.net/11419/1582
Language: Greek
Is Part of: Υπολογιστική βιολογία
Number of pages 34
Publication Origin: Kallipos, Open Academic Editions